functions.phpに以下コードを追記します。

function filter_search( $query ) {
  if ( $query->is_search() && $query->is_main_query() && ! is_admin() ) {
    $query->set( 'post_type', array( 'post', 'page', 'sample' ) );　　//カスタム投稿タイプsample
  }
}
add_filter( 'pre_get_posts', 'filter_search' );

“sample”というカスタム投稿タイプが検索結果に含まれるようになります。